El CIRSA conformó la Comisión Ejecutiva (CE), representada por los subsecretarios y viceministros de Agricultura y Ganadería, para atender los temas o asuntos encomendados por el CIRSA.
La Comisión Ejecutiva tiene entre sus principales atribuciones actuar como instancia preparatoria de las reuniones del CIRSA. Además, en su función de asesoría, examina los programas y proyectos y el presupuesto anual que la Dirección Ejecutiva somete a consideración de los señores Ministros y Secretarios, a quienes eleva las observaciones y recomendaciones que considere pertinentes. En general, la Comisión Ejecutiva cumple con las tareas que le asigna el CIRSA.